Tercera etapa (La Reconstrucción)
La tercera etapa de la Ciudad Universitaria coincide con la Posguerra, adquiriendo más un matiz de “reconstrucción” de lo existente o de revisión de lo pendiente, que de desarrollo de nuevos proyectos. En 1940 se constituyó una nueva Junta Constructora que presidía Franco y en la que López Otero siguió siendo el director de las obras. Con él se aseguraba la permanencia de las directrices originales de ordenación del sector, si bien se replantearían en consonancia con los requerimientos del nuevo sistema político.
En 1943 se inauguraron los edificios que habían sido ya reconstruidos en el campus (la Facultad de Filosofía y Letras y el Pabellón de Gobierno) y se presentó una maqueta que ofrecía los detalles de la reconstrucción que el nuevo régimen político quería. Uno de los edificios que se recuperaban del proyecto original de la Ciudad Universitaria y que se cargaba ahora de peso político es el Paraninfo-Rectorado que aparece en la maqueta pero que nunca llegó a construirse. Su localización coincide con el actual complejo deportivo norte. El edificio fue concebido por López Otero “como un templo clásico de líneas modernas” que encerraba un amplio recinto abovedado con pinturas alegóricas a la ciencia española y cuyo frente se desarrollaba “en forma de un atrio porticado de grandes dimensiones, pensado para fiestas y concentraciones estudiantiles”.
En 1945 se inauguraron las escuelas de Ingenieros Navales y de Montes, la escuela de Estomatología (hoy facultad de Odontología) y las facultades de Ciencias Físicas y Matemáticas. En ese año se puso la primera piedra del Colegio Mayor San Pablo y se inauguró también la primera línea de tranvías Moncloa-Paraninfo y del club universitario de la zona deportiva. La marcha de las obras se ralentizó después por problemas económicos y a dura penas consiguieron acabarse dos bloques de la residencia de profesores y la escuela de Ingenieros Navales. En 1949 se inauguró la facultad de Medicina, le siguió el Hospital Clínico y se revisaron los proyectos para el Arco de la Victoria y el Colegio Mayor José Antonio. En 1951 se inauguró el Colegio Mayor San Pablo, acabaron las obras del Instituto de Cultura Hispánica y en 1956 se abrió la facultad de Derecho.