A partir de los años sesenta toda la unidad de conjunto se rompió abandonándose la concepción del trabajo colectivo y dispuesto sobre la base de la existencia de un estamento de gestión unitaria, a favor del individualismo, tanto profesional como académico. Cada nuevo edificio pedagógico se planteó como un elemento independiente, desconectando formal y estilísticamente del resto, manteniendo únicamente aquella ligazón necesaria que impusieron las infraestructuras existentes.

En estos años, además, se lleva a cabo una masiva cesión de solares para edificios de uso no estrictamente universitario, aunque ligados de alguna manera a la investigación y la docencia, así como una expansión en la construcción de colegios mayores, que alojarían al alumnado.

La Ciudad Universitaria, como otras tantas zonas de Madrid, serviría como escaparate de la arquitectura más relevante de la época. Destacan, por ejemplo, las intervenciones de Miguel Fisac en el Centro de Formación del Profesorado Laboral, de José María García de Paredes y Rafael de la Hoz con el Colegio Mayor “Aquinas”, que recibió el Premio Nacional de Arquitectura, de Alfonso D´Escragnolle con la Casa do Brasil, de Javier Carvajal con la Escuela de Ingenieros de Telecomunicaciones junto a García de Paredes y con la Biblioteca de la Facultad de Derecho, de Asís Cabrero con el Colegio Mayor “San Agustín” de Luis Laorga y José López Zanón con la Escuela de Ingenieros de Caminos, de Antonio Fernández-Alba y José Luis Fernández del Amo con la Biblioteca del Instituto de Cultura Hispánica, de Horacio Baliero y Carmen Córdova con el Colegio Mayor Argentino “Nuestra Señora de Luján”, de Fernando Moreno Barberá con la Facultad de Ciencias Biológicas y Geológicas y el conjunto del Ministerio de Educación y Ciencia, de Fernando Higueras y Antonio Miró con el Centro de Restauraciones Artísticas, actual Instituto del Patrimonio Histórico Español, de Alejandro de la Sota con el Colegio Mayor “César Carlos” junto a José Antonio López Candeira con la ampliación del CENIM, de Juan de Haro en el Colegio Mayor “Siao-Sin”, y de Jaime López Asiaín y Ángel Díaz con el Museo Español de Arte Contemporáneo, actual Museo del Traje, entre otras muchas actuaciones.

A partir de 1980 se lleva a cabo la redacción de diversos Planes Especiales de Reforma interior, que proponían un planeamiento urbanístico para la Ciudad Universitaria, limitando su crecimiento desordenado. De los mismos años son las intervenciones de José Santos para la Biblioteca de Humanidades; las Facultades de Ciencias Económicas y Empresariales y de Psicología (todas ellas de la UNED), o de Juan José Medina con el Gimnasio de Piscinas del Centro de Alto Rendimiento Deportivo.

Los trabajos de planteamiento culminan con la declaración en 1999, por la Comunidad de Madrid, de la Ciudad Universitaria como Bien de Interés Cultural con la categoría de Conjunto Histórico.