Los objetivos de este museo pueden sintetizarse en razón de estas tres finalidades complementarias:

Utilidad científica: El museo nunca se ha planteado obtener un acúmulo indiscriminado de ejemplares de diversas especies y procedencias en la línea de las grandes colecciones de vertebrados de otras instituciones. Pese a ello, se ha reunido un considerable número de ejemplares que son habitualmente utilizados en el contexto de diversos estudios taxonómicos y ecomorfológicos. Más interés tiene nuestra colección de esqueletos montados y desarticulados de muy diversas especies. Estos son raros en otras instituciones ya que, tradicionalmente, se ha desdeñado la conservación de ejemplares enteros en beneficio de sus pieles y cráneos o de su mantenimiento en líquidos conservadores. Las posibilidades de investigación de este material en el campo de la Sistemática, Biomecánica o Ecomorfología son enormes.

Utilidad docente: Esta se ha articulado alrededor de dos fines; por un lado disponer de una nutrida representación de la diversidad faunística de la Península Ibérica, para instruir en los métodos de Clasificación e identificación de cada grupo, y por otro, elaborar una serie de preparados anatómicos con los que dar testimonio de las relaciones evolutivas de los diferentes grupos de vertebrados.

Utilidad Social: Es innegable la capacidad divulgativa para el público interesado del material que atesora este museo y su interés para una sociedad cada vez más sensibilizada con la ecología y el medio ambiente.