Del Desastre del 98 a la Guerra civil.
La crisis del 98 evidenció los males de la patria y enfatizó la necesidad de una reforma en profundidad de la educación en todos sus grados. La creación del Ministerio de Instrucción Pública, en 1900, marcó una nueva etapa en la historia de las universidades españolas; quién ejerció por primera vez este cargo, Antonio García Alix, puso en marcha una reforma en los planes de estudio universitarios, en un proceso de adecuación a los establecidos en las universidades europeas. En la línea de reformas universitarias que inspiraban la labor de los sucesivos ministros de instrucción pública en los primeros años del siglo XX, se enmarca la creación de la Junta para Ampliación de Estudios, desde la que se fomentó una política de becas en el extranjero y de establecimiento de laboratorios de investigación, en ella tuvieron presencia activa catedráticos de la Universidad de Madrid.
El impulso reformista de la primera década se vio atemperado por las circunstancias políticas y sociales, tanto españolas como internacional. Sólo a finales de la década de 1910, se atisba una línea de innovación en la política universitaria, con promulgación, mayo de 1919 de un Real Decreto sobre autonomía universitaria, que –pese a las inconsistencias gubernativas- permitió la elaboración de un ‘Estatuto’, donde se reconocía una limitada independencia académica para la Universidad de Madrid. Este marco legislativo fue dejado en suspenso durante la Dictadura de Primo de Rivera, la cual desarrolló su propio concepto de autonomía universitaria, dentro de las medidas legislativas que caracterizaron este periodo dictatorial.
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El segundo gran motor en la modernización de la Universidad Central durante el primer tercio del siglo XX fue la construcción de la Ciudad Universitaria. El proyecto arrancó en la primavera de 1929, al constituirse, bajo la protección de Alfonso XIII, la Junta Constructora de la Ciudad Universitaria. La dictadura del general Primo de Rivera perseguía un doble objetivo: reubicar la conflictiva masa de alumnos fuera del centro de la ciudad y presentar un proyecto ampuloso vinculado a la creación de infraestructura. La Junta constructora se encargó de gestionar la adquisición o cesión de los terrenos en La Moncloa y el arquitecto Modesto López Otero dirigió las obras.
El proclamación de la II República determinó la supresión del frágil entramado universitario bosquejado por la Dictadura primoriverista, a la vez que afianzó el proyecto de Ciudad Universitaria. El ideario republicano introdujo novedades en el diseño de nuevos planes de estudio y en la organización académica: en septiembre de 1931 el gobierno ponía en marcha, a título experimental, un nuevo plan de estudios para la Facultad de Filosofía y Letras de Madrid, que otorgaba un régimen de preautonomía. El espíritu de estos planes se plasmó y amplió en el proyecto de Ley de Bases de Enseñanza Universitaria, presentado por el ministro de Instrucción Pública Fernando de los Ríos en marzo de 1933. Se definía allí una universidad moderna, formadora del hombre, del profesional y del investigador.
A lo largo de los años treinta las obras de la Ciudad Universitaria avanzaron a buen ritmo; en enero de 1933, se inauguró oficialmente el primer edificio del recinto: la Facultad de Filosofía y Letras. En 1936 el núcleo central del proyecto estaba ultimado: se habían inaugurado algunos edificios, lo que permitía la actividad docente en ellos, y otros se encontraban próximos a su finalización.
Durante la guerra civil, los terrenos de la Ciudad Universitaria se convirtieron en frente permanente de guerra, lo que imposibilitó el desarrollo cotidiano de la actividad académica. Gran parte del profesorado universitario madrileño, siguiendo las instrucciones del Ministerio de Instrucción Pública, se trasladó a Valencia.
