Poco antes de que acabara la guerra, el gobierno de Franco había nombrado ya al primer Rector de la Dictadura, el catedrático Pío Zabala y Lera, a quien le correspondió poner en marcha los nuevos planes que las autoridades franquistas diseñaron para la Universidad. El exilio y la depuración del personal docente universitario mermaron significativamente el claustro de la Universidad de Madrid, cerca del 40 por ciento de su profesorado se vio afectado. El balance es aún más llamativo si se identifican algunos nombres: José Giral, Fernando de los Ríos y José Gaos (los tres últimos rectores del periodo republicano) murieron en el exilio.

En 1943 entraría en vigor la Ley de Ordenación de la Universidad española, vigente hasta 1970 y que marcó las coordenadas de la universidad franquista. Con ella quedaba certificada la estructura centralista de la universidad española (sólo en Madrid se alcanzaría, hasta 1954, el título de doctor); se reconocía al Rector –nombrado directamente por el Gobierno- como la autoridad máxima de la Universidad (una autoridad más amplia y con mayor presencia que nunca); se involucraba en la labor universitaria a la Iglesia (que incorporaba la enseñanza de la religión en los planes de estudio), al Ejército (que se encargaría de la, entonces también obligatoria, educación física) y a Falange (encargada de encuadrar a alumnos y profesores, por filiación obligatoria, en el SEU y en el Servicio Español del Profesorado Universitario).

La nueva ley reconocía en Madrid, igualmente, la existencia de dos nuevas facultades, la de Veterinaria (heredera de la Escuela de Veterinaria, que se remonta a finales del siglo XVIII) y la de Ciencias Políticas y Económicas.

Entre 1951 y 1956 tomó las riendas del rectorado madrileño Pedro Laín Entralgo, inaugurando un tiempo en el que el gobierno de la universidad se atenuó, siquiera mínimamente, la rígida tutela sobre la vida académica. En 1956, la celebración de un Congreso Universitario de Escritores Jóvenes autorizado por el rector Laín, avaló la difusión de un manifiesto redactado por estudiantes como Javier Pradera, Enrique Múgica y Ramón Tamames, donde se planteaba una ruptura con el SEU. Las tensiones se incrementaron y los estudiantes (por ver primera desde la guerra civil) se manifestaron. En la Ciudad Universitaria pero, sobre todo, en las calles de San Bernardo y Alberto Aguilera los sucesos llegaron a su punto más violento. Los enfrentamientos se saldaron con el cierre de la Universidad; Laín Entralgo dimitió como Rector y Franco destituyó al ministro de Educación, Joaquín Ruiz-Giménez.

Durante los años del rectorado de Pedro Laín se fundaron las primeras Escuelas, como una vía para impartir enseñanzas no contempladas en las facultades y que, años después, se transformarían ellas mismas en nuevas facultades. Es el caso de la Escuela de Estadística (1952) y la Escuela de Psicología y Psicotecnia (1953).

El cambio rectoral y ministerial determinó una nueva etapa en la que muchos de los presupuestos educativos del primer franquismo entraron definitivamente en crisis. El alumnado universitario optó por nuevas vías de participación social y política, lo que determinó la pérdida de protagonismo del SEU, que acabaría desapareciendo en 1965, cuando el ministro Manuel Lora Tamayo certificó su inoperancia para controlar el movimiento contestatario.

El problema estudiantil  fue tratado como una cuestión de orden público, con el claro apoyo de las autoridades académicas. La misma dureza se mantuvo para controlar la disidencia de profesores, como muestra la expulsión, en febrero de 1965, de los catedráticos madrileños López Aranguren y García Calvo y del catedrático en Salamanca, Enrique Tierno Galván.

En 1962, en un marco social y económico distinto al surgido de la guerra civil, se hizo preciso una renovación en profundidad de la Universidad: se requerían nuevas categorías de profesorado, una más eficaz organización académica y una mejor adaptación a las necesidades de los alumnos. Ya en 1962 la Universidad adquirió estatuto de “organismo autónomo” adscrito al Ministerio de Educación. En 1965 vio la luz la Ley de Enseñanza Universitaria. En ese marco legislativo algunas enseñanzas superiores, como las enseñanzas artísticas, se incorporaron al espacio de la Ciudad Universitaria. Los principios que inspiraron esta norma se incorporaron a la Ley General de Educación de 1970, una vez que los planteamientos más reformistas llegaron al Ministerio de la mano de Villar Palasí; al amparo de esta Ley, la Universidad de Madrid pasó a denominarse Universidad Complutense de Madrid y adoptó sus primeros estatutos efectivos.

La Universidad en la transición y consolidación democrática »