La documentación producida por la Universidad en Alcalá de Henares está depositada actualmente en el Archivo Histórico Nacional. Ya en 1897 la Universidad envió al Archivo Histórico Nacional una primera remesa de documentos de la etapa alcalaína, a la que siguieron otros envíos en 1926, 1956 y 1981, que incluyeron tanto documentos de la universidad cisneriana como de otras instituciones que acabaron integrándose en la Complutense, como los Reales Colegios de Medicina y de Farmacia. No obstante, el Archivo General de la UCM conserva algunas recopilaciones de escrituras de compra venta y de censo de estos momentos iniciales; de hecho, el documento más antiguo conservado en el AGUCM es la venta que un judío de Alcalá hizo de una de sus casas en 1487.