Francisco Santos Carrillo es Profesor Contratado Doctor en el Departamento de Estudios Internacionales de la Universidad Loyola Andalucía e investigador de la Fundación ETEA-Instituto de Desarrollo de dicha universidad.   

Es también profesor y miembro del Comité Académico de la Maestría regional en Integración centroamericana y desarrollo de la Universidad Rafael Landívar, Universidad Centroamericana José Simeón Cañas de El Salvador y Universidad Centroamericana de Nicaragua; y ha sido también profesor visitante en la Universidad Johannes Kepler de Linz, Austria.

Pertenece, desde su creación, a la Red Española de Estudios del Desarrollo (REEDES), así como al Grupo de Reflexión sobre Integración y desarrollo en América latina y Europa (GRIDALE).

Sus líneas de investigación se sitúan en torno a la gobernanza global, los estudios de desarrollo y el regionalismo, con especial énfasis en el proyecto de integración de Centroamérica. En estas áreas, cuenta con más de una década de experiencia en la consultoría internacional, habiendo participado en proyectos vinculados al Sistema de Integración Centroamericano (SICA), la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AECID), la Agencia Andaluza de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AACID), Unión Europea, FAO o PNUD.