Los fondos conservados en el Archivo son fundamentalmente los producidos por la Universidad desde su traslado a Madrid en 1836. Cabe destacar la documentación generada por la Secretaría General (libros de matrícula, libros registro de exámenes y grados, fichas de alumnos...), competente en la gestión de alumnos durante un largo periodo, los expedientes personales o las actas de los distintos órganos de gobierno. La documentación de los colegios mayores dependientes de la Universidad es también de gran interés.