CG1. Comprensión avanzada y sistemática de la Microbiología y Parasitología y dominio de las habilidades y métodos de investigación relacionados con dicho campo
CG2. Capacidad para aplicar los conocimientos adquiridos en la realización de actividades de investigación, desarrollo e innovación (I+D+i) para resolver problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos multidisciplinares relacionados con la Microbiología y Parasitología.
CG3. Capacidad de análisis crítico, evaluación y síntesis de ideas nuevas y complejas en Microbiología y Parasitología.
CG4. Capacidad de comunicar los avances científicos en Microbiología y Parasitología, así como las conclusiones, y los conocimientos y razones que las sustentan, a públicos especializados y no especializados, colegas del área, comunidad académica, científica, o sociedad en general, de un modo claro y sin ambigüedades.
CG5. Interés por fomentar el avance científico y tecnológico en el campo de la Microbiología y Parasitología dentro de las áreas de la salud, del medio ambiente, industrial, de servicios o de gestión.

CE16. Conocimiento de los temas de máxima actualidad en investigación en Microbiología y Parasitología.

Durante las clases se introducen conceptos que son manejados por los alumnos en el momento (las clases se imparten en el Aula de Informática) para relacionar conceptos mediante ejercicios.

Desarrollo de ejercicios prácticos en el aula mediante software de acceso libre.

Desarrollo de trabajos sobre una secuencia problema.

A1. Clases Teóricas: 1 ECTS (7,5 h).
A2 y A3. Actividades Académicas Dirigidas: 1,6 ECTS (12 h).
A4. Presentación de trabajos y exámenes: 0,2 ECTS (1,5 h).

22,5

52,5

2

Es imprescindible tener conocimientos básicos de biología molecular y disponer de conocimientos de informática a nivel de usuario.
Es conveniente tener conocimientos básicos de biología, microbiología, parasitología y genética.

Programa teórico.

1. Concepto de base de datos. Bases de datos biológicas y recuperación de información de bases primarias. Nomenclatura. Bases de datos interrelacionales. 2. Análisis de secuencias de DNA. Búsqueda de motivos funcionales. Análisis de secuencias de proteínas. 3. Diseño de cebadores para amplificación por PCR. 4. Estrategias de secuenciación y ensamblaje de genomas microbianos. Búsqueda de ORFs en fragmentos de DNA y genomas. 5. Conceptos relacionados con la evolución de proteínas. Comparación de secuencias con bases de datos mediante matrices independientes y dependientes de contexto. Análisis e interpretación de los datos. 6. Comparación múltiple de secuencias y filogenia molecular. Construcción de árboles. 7. Búsqueda de motivos funcionales en proteínas. Identificación de función. 8. Bases de datos de estructuras 3D. Visualización y modelización de proteínas.

Programa práctico y de actividades académicas dirigidas

1. Desarrollo de ejercicios prácticos en el aula.  

El rendimiento académico del alumno y la calificación final de la asignatura se evaluará de acuerdo con el siguiente criterio:

El rendimiento académico del alumno y la calificación final de la asignatura se computarán de forma ponderada atendiendo a los siguientes porcentajes, que se mantendrán en todas las convocatorias:

E1. Examen escrito sobre los contenidos expuestos: 60 %
E2. Participación y elaboración de las actividades académicas dirigidas: 40 %
Para poder ser evaluados, será necesario que el alumno haya participado al menos en el 80% de las actividades presenciales (asistencia a clases teóricas/prácticas/actividades académicas dirigidas.

Attwood, T.K., and Parry-Smith, D. (2013) Introduction to bioinformatics, Pearson Education.
• Baxevanis, A.D., and Oulette, B.F.F. (2004) Bioinformatics: a practical guide to the analysis of
genes and proteins, Wiley, John & Sons Inc.
• Claverie, J.M., and Notredame, C. (2013) Bioinformatics for dummies Wiley, John & Sons, Inc.
• Krawetz, S.A., and Womble, D.D. (2003) Introduction to bioinformatics: A theoretical and
practical approach, Humana Press.
• Hall, B.G. (2004) Phylogenetic trees made easy: a how-to manual. 2ª ed. Ed. Sinauer,
Sunderlans, MA.
• Mount, D.W. (2001). Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Ed. Cold Spring Harbor
Laboratory Press.

Bibliografía complementaria

Pevsner, J. (2010) Bioinformatics and Functional Genomics. 2ª ed. Ed. Wiley-Blackwell.
(http://bioinfbook.org/index.php).
• Canal del National Center for Biotechnology Information (NCBI) en Youtube
(http://www.youtube.com/NCBINLM)
• Bioinformatics Organization (http://www.bioinformatics.org/wiki/Main_Page)
• Conferencias en vídeo y podcasts del NCBI (http://videocast.nih.gov/PastEvents.asp?c=7).