El programa de Doctorado cuenta con una Comisión del sistema de garantía de calidad, que, entre otras funciones, tiene la de analizar la información sobre el desarrollo y los resultados del programa, así como realizar propuestas de revisión y de mejora del mismo. Dicha Comisión está formada por:

- el Decano de la Facultad de Veterinaria
- el coordinador del Programa de Doctorado
- dos profesores/investigadores del Programa de Doctorado
- un miembro del PAS vinculado con la gestión administrativa del Doctorado
- un doctorando
- un egresado
- un agente externo

Asimismo, existe una Comisión de Calidad de la Facultad de Veterinaria, cuyo objetivo es garantizar de forma integral y en última instancia la calidad interna de todas las titulaciones que se imparten en el centro. Está constituida por:

- el Decano de la Facultad de Veterinaria
- el coordinador del Grado en Veterinaria
- el coordinador del Grado en Ciencia y Tecnología de los Alimentos
- el responsable de Posgrado del centro
- el gerente del centro
- un representante de los Directores de Departamento
- un representante de Profesores con vinculación permanente
- un representante del resto de PDI
- un representante de estudiantes de Grado en Veterinaria
- un representante de estudiantes de Grado en Ciencia y Tecnología de los Alimentos
- un representante de estudiantes de Posgrado