Predicción de estructura de ácidos nucleicos a partir de su secuencia.

Relaciones con otras estructuras. Paralelismo de metodologías utilizadas.

Llevarán aproximadamente la mitad de la asignatura, y en ellas se presentarán, de forma magistral, un resumen del tema, haciendo especial hincapié en los aspectos básicos y fundamentales. Dichas clases se complementarán con una aportación bibliográfica orientada en cada tema, así como de ejercicios de la materia correspondiente. También se impartirán algunos seminarios.

Fundamentalmente se desarrollarán en el Aula de informática. Para la parte estructural se harán ejercicios sobre las bases de datos de estructura, utilizando Rasmol, Chemie, etc.

 La asignatura consta esencialmente de dos partes. La primera es estructural, donde se pasa revista a las principales estructuras (secundarias, terciarias y cuaternarias) de los ácidos nucléicos, así como a las fuerzas e iteracciones que condicionan dichas estructuras. La segunda está enfocada hacia genómica. En ambas partes se presentan las técnicas usuales para su desarrollo, así como se apoyan en aplicaciones concretas en el Aula de Informática.

Conocimientos de Bioquímica y Biología Molecular generales.

 Manejar conceptos estructurales de los ácidos nucléicos vinculados a la funcionalidad de estas moléculas y a la tecnología para su análisis tanto a nivel global en los genomas como a nivel específico en el gen.  Así mismo se proporcionaran los determinantes de la superestructuración de estas moléculas y sus implicaciones funcionales y su uso como herramientas moleculares. Comparar las características estructurales y funcionales de diversos organismos y de diferentes secciones de los genomas para poder aplicar técnicas y métodos de análisis e integración funcional en diversas situaciones fisiológicas y determinantes de patologías. Dotar de elementos científicos para la evaluación ética de la diversidad genética.

 

• Introducción histórica a la estructura del DNA
• Las bases.
• El azúcar.
• El enlace glicosídico.
• El dinucleotido.
• Formas doble helicoidales a derechas de ácidos nucléicos. Polimorfismos
• El Z-DNA. Estructura y función
• Superestructuras de DNA
• Estructuras de RNA
• Técnicas de mapeado y secuenciación de genomas. Genomas unicelulares y de metazoos
• Introducción al análisis de secuencias
• Minería de datos de secuencies en genomas
• Evolución de genomas y análisis evolutivo
• Detección y caracterización de elementos funcionales no codificantes
• Análisis y rastreo funcional mediante microarrays
• El estudio de la variación genética mediante técnicas computacionales
• El estudio de la variación genética mediante técnicas de laboratorio. Ética de la variación genética.
• Genómica biomédica: estrategias para la identificación de genes causante de patologías

El rendimiento académico del estudiante se computará atendiendo a la calificación del examen final escrito y/o a la evaluación del trabajo personal.
Será requisito imprescindible que el estudiante haya asistido al 70% de las actividades de carácter presencial.

B. Lewin (2007) Genes IX. Jones & Bartlett Publisher
A.M. Campbell, L. J. Heyer (2007) Discovering genomics, proteomics, and bioinformatics. Pearson-Benjamin Cummings.
G. Gibson, S. V. Muse (2009) A Primer of Genome Science (3rd Ed.) Sinauer.
W. Saenger (1996) Principles of Nucleic Acid Structure. Springer-Verlag New York, Incorporated.
C. R. Cantor and P. R. Schimmel (1980) Structures of Nucleic Acids. In: Biophysical Chemistry, Part I, San Francisco: W.H. Freeman & Co., p. 155-205
V. A. Bloomfield, D. M. Crothers, I. Tinoco, J. E. Hearst, D. E. Wemmer, P. A. Killman, D. H. Turner (2000) Nucleic Acids: Structures, Properties, and Functions. University Science Books.

La guía docente de la asignatura se puede encontrar en www.bbm1.ucm.es/masterbiomed/Descargas/Master%20BBMBiomed-Guia%20docente-EFANG-2015-16.pdf