La Fisiopatología estudia el funcionamiento del organismo, considerado globalmente, o de alguno de sus elementos (como los aparatos, órganos, tejidos, células), en una determinada situación patológica. Es decir, analiza el comportamiento del organismo en un concreto entorno anómalo. La Fisiopatología Quirúrgica es, por tanto, el estudio de los efectos funcionales y orgánicos producidos por la agresión quirúrgica y de las respuestas locales y sistémicas desencadenadas en el individuo. Pero, dado que la Cirugía es una forma particular de tratamiento de las enfermedades, el concepto fisiopatológico debe incluir el conocimiento general de las enfermedades y de sus mecanismos, de las técnicas y los gestos operatorios, de las maneras en que aquellas y éstos modulan la reacción a la cirugía y de las medidas aplicables para prevenir y corregir las respuestas anormales. La Fisiopatología Quirúrgica, por tanto, integra conocimientos de ciencias básicas (anatomía, bioquímica, fisiología), de patología y clínica médica (anatomía patológica, patología, diagnóstico clínico e instrumental), de prevención y de terapéutica y proporciona las bases científicas generales de la Cirugía que forman el núcleo común de todas sus especialidades. Además, esta disciplina contempla un estudio profundo de la propedéutica, que prepara a los estudiantes para la evaluación clínica y diagnóstica preoperatoria. Esto incluye el aprendizaje de técnicas para el adecuado manejo y evaluación de pacientes antes, durante y después de la cirugía. Se destaca la importancia de entender las enfermedades desde sus bases, sus mecanismos, así como las técnicas quirúrgicas y cómo estas interactúan para influir en la reacción del cuerpo ante la cirugía. La asignatura también cubre estrategias preventivas y correctivas para manejar las respuestas anormales al trauma quirúrgico. 

La Fisiopatología Quirúrgica pretende la formación de los estudiantes en los conocimientos básicos de la Cirugía. El objetivo concreto de la asignatura es la trasmisión de sus fundamentos fisiopatológicos, analizando especialmente los de mayor interés para la formación y el ejercicio de la Odontología.