El Programa de Doctorado en Química Orgánica de la UCM se imparte en el Departamento de Química Orgánica de la Facultad de Ciencias Químicas.

Los estudios de Doctorado en Química Orgánica en la UCM tienen una larga tradición, siendo el establecimiento de un Programa de Doctorado de Calidad una de nuestras máximas aspiraciones desde sus orígenes. Por ello, considerando que en su planteamiento, objetivos y medios para su desarrollo, reunía las cualidades necesarias ha acudido con éxito a las diferentes convocatorias de la ANECA para la obtención de la Mención de Calidad. En su primera convocatoria (Orden Ministerial de 18/11/2002) nuestro Programa de Doctorado "Química Orgánica" (regulado por el R.D. 778/1998), obtuvo la Mención de Calidad (Referencia MCD2003-00840), que fue prorrogada en los años posteriores mientras estuvo vigente (hasta el 2006). En el curso 2014-2015 se implantó el actual Doctorado en Química Orgánica de acuerdo a la normativa reguladora R.D. 99/2011. Nuestro actual Programa de Doctorado en Química Orgánica es continuación del programa homónimo regulado por el RD1393/2007 que obtuvo la Mención hacia la Excelencia (MEE2011-0052) por resolución de 6 de octubre de 2011.

El objetivo principal del Programa consiste en completar la formación del alumno, mediante la adquisición de conocimientos sobre la Química Orgánica, en general, y las distintas subáreas relacionadas directamente con las líneas y grupos de investigación que conforman el programa. El programa ofrece una formación multidisciplinar en síntesis orgánica, química médica, química supramolecular, organometálica, química computacional y teórica, resonancia magnética nuclear, nanociencia y materiales, en grupos de reconocido prestigio internacional y nacional.  De ese modo, el Programa posibilita un perfeccionamiento y una cualificación para el desarrollo profesional, académico e investigador en cualquier Universidad, Institución nacional o internacional, o Empresa del sector que lo demande, incluidos los correspondientes Centros de I+D+i.