Estudió medicina y ciencias en la Universidad de Madrid, doctorándose en ambas especialidades (en 1843 y 1846, respectivamente). En 1846 obtuvo la cátedra de agricultura y botánica de la Universidad de Barcelona y, posteriormente, pasó a ocupar por concurso de traslado la de historia natural de Sevilla. A partir de 1857 ejerció la cátedra de organografía y fisiología vegetal en Madrid.

Desde 1868 hasta su muerte fue director del Jardín Botánico de Madrid, que estaba entonces vinculado a la actividad docente de la Facultad de Ciencias madrileña, y en 1871 formó parte del elenco inicial de la Sociedad Española de Historia Natural y fue elegido su primer presidente.  

Colmeiro prestó atención a la historia de la botánica en nuestro país y fue miembro de las reales academias de Medicina, Ciencias y la Lengua. En el ámbito universitario, fue Decano de la Facultad de Ciencias y Rector de la Universidad entre 1890 y 1894. 

Escritos de Miguel Colmeiro y Penido en la Biblioteca UCM

Escritos sobre Miguel Colmeiro y Penido en la Biblioteca UCM

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