La Comisión de Usuarios se constituyó el 22 de octubre de 1984, está  presidida por el Director de la Instalación (nombrado por el Decano de la Facultad de Medicina), en la que están representados todos los grupos de investigación de los respectivos departamentos que la utilizan.

La Comisión de Usuarios se reune al menos una vez al año, para conocer entre otros aspectos, el informe económico y el resumen de funcionamiento de la Instalación, así como para hacer las recomendaciones oportunas sobre la mejor forma de utilización de la Instalación.

Todas las decisiones que se consideren de interés para el funcionamiento de la Instalación, se someterán a la decisión que  tomen los miembros de la Comisión por votación.