En 1836 el rey Carlos III funda el "Colegio de Cirugía de San Carlos", al trasladarse a Madrid las cátedras médicas de la Universidad de Alcalá de Henares, que habían sido suprimidas de dicha universidad en 1771.

En 1843 el Colegio de Cirugía de San Carlos y el Colegio de Farmacia de San Fernando se unen y se crea la Facultad de Ciencias Médicas, dependiente de la Universidad de Madrid, con las titulaciones separadas de Médico-Cirujano y Farmacéutico. En ese mismo año se crea la cátedra de "Terapéutica, Materia Médica y arte de recetar", asignatura que se explicaba en 3º curso, siendo Catedrático D. Ramón Capdevilla Masana, catedrático que ya venía propuesto desde el colegio San Carlos. Es autor del libro "Elementos de terapéutica y materia médica", que figura en los planes de estudio de ese momento como obra de texto oficial.Muere en 1846

En 1846 la cátedra es ocupada por D. Jaime Salvá, por concurso de traslado desde la cátedra de "Aspectos Internos" de la Facultad de Valencia. Permuta dicha cátedra con D. Vicente Asuero por la cátedra de "Historia, bibliografía y literatura de las ciencias médicas". Vicente Asuero explicará la asignatura durante más de 20 años, y creó un museo de Materia Médica en dicha cátedra.

En 1852 se incluye la asignatura "Filosofía de la Terapéutica y de la Farmacología" en 6º curso, pasando en 1857 a 7º curso y cambiando su denominación por "Ampliación de la Terapéutica y Materia Médica".

En 1866 se destituye a los catedráticos que no hayan obtenido su plaza por oposición, y la cátedra es ocupada por D. Benito Amado Salazar, que es destituido al año siguiente, volviendo a la cátedra Vicente Asuero que la ocupará hasta su muerte en 1873.

En 1874 gana la plaza por oposición D. Francisco Javier de Castro Pérez. En ese momento la cátedra dispone de "laboratorio, herbario y jardín farmacológico (con más de 400 especies medicinales), además del museo". D. Francisco Javier de Castro Pérez muere en 1887

En 1874  es ocupada, por concurso de traslado, el titular de la cátedra en Granada, D. Benito Hernando Espinosa, hasta 1908.

En 1908 le sucede por traslado desde Santiago de Compostela D. Manuel Márquez Rodríguez

Cátedra
	En 1912 gana la cátedra D. Teófilo Hernando Ortega, en un tribunal presidido por D. Santiago Ramón y Cajal. D. Teófilo Hernando se había formado en el laboratorio del Schmiedeberg en Estrasburgo, y se le considera uno de los padres de la moderna Farmacología española.
	En 1941, por concurso de traslado, toma posesión de la cátedra D. Benigno Lorenzo Velázquez, hasta 1971. Fue autor de un libro de Farmacología de referencia obligada "Terapéutica con sus fundamentos de farmacología experimental", publicado por vez primera en 1930, y que ha alcanzado ya la 19ª edición, denominándose posteriormente "Farmacología y su proyección a la clínica", y "Velázquez. Farmacología Básica y Clínica" en la actualidad. Además D. Benigno Lorenzo fue decano de la Facultad de Medicina desde 1960 hasta su jubilación en 1971. En 1950 la Facultad de Medicina de la Universidad Complutense se traslada a la Ciudad Universitaria, siendo decano D. Sebastián Recasens Girol. En 1965 las Facultades se dividieron en Departamentos, creándose el de Farmacología y Terapéutica, que agrupaba la Bioquímica Farmacológica, Farmacología experimental, Farmacometría, Farmacología clínica, Neuropsicofarmacología, y con carácter opcional, Anestesiología y hemoterapia.

Departamento
	En 1971, de forma provisional ocupa la cátedra del departamento, denominado ya solamente "de Farmacología", D. Alfonso Velasco, hasta que toma posesión D. Perfecto García de Jalón, catedrático que provenía de la Universidad de Valladolid, y que fue Director hasta su jubilación, en 1984	Antiguos miembros del Dpto. Alfaro Ramos, Mª José. Profª Titular Alsasua del Valle, Angela. Profª. Titular Aparicio, Luis. Prof. Adjunto Arroyo, José Mª. Administrativo Barrigón Vázquez, Santos. Catedrático. Elio Membrado, Francisco Javier. Catedrático. Jefe del Servicio de Anestesia y Medicina Intensiva del Hospital Clínico S. Carlos Fernández Tomé, Mª Paz. Científico Titular Centro Mixto CSIC-UCM Gómez Gómez, Isabel. Técnico de laboratorio Hidalgo Caballero, Mª Luisa. Técnico de laboratorio Lastra Santos, Laura. Profª. Titular López Timoneda, Francisco. Catedrático. Jefe del Servicio de Anestesia del Hospital Clínico S. Carlos Pelayo Cortines, Francisco. Prof. Adjunto Vicente Crespo,Mª Elena.Secretaria administrativa
	Del 1984 al 2006, D. Pedro Lorenzo Fernández ocupó el cargo de Director del Departamento de Farmacología de la Facultad de Medicina hasta su jubilación en el año 2006.
	Del 2006 al 2010, D. Ignacio Lizasoain Hernández ocupó el cargo de Director del Departamento de Farmacología de la Facultad de Medicina.
	Del 2010 a 2017, Dña. María Isabel Colado Megía. Ocupo la Dirección del Departamento de Farmacología de la Facultad de Medicina.
	De 2018 a 2022 D. Juan Carlos Leza Cerro. Ocupo la Dirección del Departamento de Farmacología y Toxicología con sede en la Facultad de Medicina.

En 2023 D. Francisco Pérez Vizcaino. Ocupa la Dirección del Departamento de Farmacología y Toxicología con sede en la Facultad de Medicina.