El objetivo global del Programa de Doctorado en Historia y Arqueología es formar doctores altamente cualificados para la investigación e innovación en los campos de la Historiografía y la Arqueología, plenamente integrados dentro del Espacio Europeo de Educación Superior (EEES) y del Espacio Europeo de Investigación (EEI).

Está adaptado al Real Decreto 99/2011, de 28 de enero, por el que se regulan las enseñanzas oficiales de doctorado, y otorga el título universitario de Doctor/a en Historia y Arqueología con carácter oficial (BOE de 11 de marzo de 2014, pág. 22565).

Implantado en el curso académico 2013-14, el Programa es heredero de diez programas de doctorado impartidos anteriormente en la Facultad de Geografía e Historia de la Universidad Complutense de Madrid. Uno de sus rasgos más notables es integrar la experiencia, calidad y alta especialización del personal académico que desarrolló aquellos programas, el cual ha ido ampliándose y renovándose en el tiempo transcurrido. Para ello se organiza en nueve líneas de investigación (Prehistoria, Arqueología, Historia Antigua, Historia Medieval, Historia Moderna, Historia Contemporánea, Historia de América, Antropología de América y Ciencias y Técnicas Historiográficas) que se corresponden con otros tantos equipos de investigación ligados a las unidades docentes de los departamentos de la Facultad de Geografía e Historia.

Ello le da la capacidad de alcanzar los objetivos principales que tiene establecidos:

1. Proporcionar a los doctorandos el personal docente encargado de dirigir sus tesis doctorales, formado por investigadores especializados y con experiencia contrastada.
2. Garantizar la puesta al día de los doctorandos en los últimos resultados de la investigación en Historia y Arqueología, gracias a la participación de profesionales de reconocido prestigio en los seminarios y conferencias invitadas.
3. Introducir al doctorando en los grupos de investigación y en las redes académicas en las que se desarrolla la actividad investigadora relacionada con su tema de trabajo.
4. Orientar a los doctorandos en las tareas de investigación, asegurando que puedan desarrollar las habilidades técnicas y las competencias teóricas necesarias para la presentación de una tesis doctoral.