La matrícula en el doctorado otorga el derecho a la tutela académica y a la utilización de los recursos necesarios para el desarrollo de su trabajo. Cuando se trate de tesis doctoral en régimen de cotutela, el correspondiente convenio determinará la forma en que deberá llevarse a cabo dicha matrícula.

Una vez admitido al programa de doctorado, teniendo en cuenta las preferencias y la línea de investigación que elija el estudiante, a cada doctorando le será asignado por parte de la Comisión Académica un tutor, doctor con acreditada experiencia investigadora y profesor del programa de doctorado, a quien corresponderá velar por la relación del doctorando con la Comisión Académica. Esta, oído el doctorando, podrá modificar el nombramiento del tutor de un doctorando en cualquier momento del periodo de realización del doctorado, siempre que concurran razones justificadas.

En el plazo máximo de seis meses desde su matriculación, la Comisión Académica asignará a cada doctorando un director de tesis doctoral que podrá ser coincidente o no con el tutor. El director de tesis será el máximo responsable de la coherencia e idoneidad de las actividades de formación, del impacto y novedad en su campo de la temática de la tesis doctoral.

Ajustándose a la normativa de cada Universidad, el director de la tesis será un profesor o investigador de las siete universidades participantes en el programa que posea el título de doctor y experiencia investigadora acreditada, sin perjuicio de que puedan incluirse doctores de otras universidades e institutos de investigación como co-directores. 

La tesis podrá ser codirigida por varios doctores cuando concurran razones de índole académica, como puede ser el caso de la interdisciplinariedad temática o los programas desarrollados en colaboración nacional o internacional, previa autorización de la Comisión Académica del programa. Dicha autorización podrá ser revocada con posterioridad si a juicio de la Comisión Académica la codirección no beneficia el desarrollo de la tesis.