El Centro de Análisis Sanitarios de la UCM procede de la Escuela de Perfeccionamiento Profesional de Análisis Clínicos, creada en 1966 (OM 16/12/1966; BOE 03/02/67) al amparo de la LOU a partir del ya existente Laboratorio Oficial de Análisis Clínicos de la Facultad de Farmacia. Durante 16 años expidió el "Diploma Oficial de Especialista en Análisis Clínicos".

Con la entrada en vigor de la LRU se modificó su reglamento y pasó a denominarse Escuela de Especialización Profesional de Análisis Clínicos. En esta etapa, desde 1995 y hasta 2008, se impartió ensañanza para la obtención del título de "Farmacéutico Interno Residente (FIR) en Análisis Clínicos", al amparo del RD 2706/82, que incluía dos años de formación en la Uiversidad y dos en Hospitales concertados. A partir de 2008, la formación de FIR pasó a ser exclusivamente hospitalaria, y la Escuela centró su actividad docente en la impartición de Títulos Propios de la UCM y cursos de actualización profesional.

El Titulo Propio "Magister en Laboratorio Clínico" se ha impartido a lo largo de 12 ediciones, y ha sido la base de la creación del "Master Oficial en Análisis Sanitarios" que se imparte en la Facultad de Farmacia, con la participación de este Centro.