Juan Carlos Ruiz Souza es doctor en Historia del Arte por la Universidad Autónoma de Madrid (2000), versando su tesis doctoral sobre arquitectura medieval en la Corona de Castilla y Reino de Granada en el siglo XIV. Profundizó sus estudios en numerosas instituciones de investigación, como el Institut du Monde Arabe de París, la Hispanic Society of América y The Metropolitan Museum of Art de Nueva York, el Istituto Storico Italiano per il Medioevo de Roma o el Institut Français d’Études Arabes de Damasco, entre otros. Tras haber sido profesor durante cinco años en la Universidad Autónoma de Madrid, en 2006 pasa al Departamento de Historia del Arte I (Medieval) de la Universidad Complutense de Madrid, donde dirigió el proyecto I+D “El palacio especializado y la Génesis del Estado Moderno. Castilla y Granada en la Baja Edad Media”.

Sus líneas de investigación se han centrado en las mutuas influencias artísticas que se han producido entre Al-Andalus y la Corona de Castilla. Ha realizado múltiples trabajos sobre la Alhambra de Granada, la Sinagoga del Tránsito de Toledo, Santa Clara de Tordesillas, la Mezquita de Córdoba, la Catedral de Toledo, el Monasterio de las Huelgas Reales de Burgos, etc., u otros centrados en la labor artística de personajes de la entidad de Alfonso X el Sabio, Pedro I de Castilla o del Arzobispo de Toledo, Jiménez de Rada.  Igualmente ha planteado estudios novedosos de carácter teórico y metodológico en los que ha intentado revisar algunos debates historiográficos o presentar nuevos enfoques de análisis del arte medieval español.