Archivo CCHS: Archivo del Centro de Ciencias Humanas y Sociales del CSIC. Aunque sus fondos proceden mayoritariamente de los institutos y centros del CSIC que actualmente constituyen el CCHS, el fondo “Rodríguez Marín” contiene, entre otra documentación, documentos variados de los siglos XVI al XIX y la colección del Archivo Ducal de Sanlúcar la Mayor, con documentación entre los siglos XV y XVIII.

Archivo de la Casa Ducal de Medinaceli: Localizado entre la Casa de Pilatos de Sevilla y el Hospital Tavera de Toledo, sus fondos se retrotraen a la Cataluña Carolingia y al siglo XI, integrados no sólo por la documentación familiar, sino también por documentación de las casas nobiliarias asociadas o relacionadas con ella (Archivo de los Duques de Segorbe y Cardona, Archivo de los Duques de Medinaceli, Archivo de los Duques de Santisteban del Puerto y el Archivo de los Marqueses de Camarasa), y fondos derivados de los organismos territoriales administrativos de su patrimonio señorial, así como una sección de “fondos facticios”, entre las que destacan las colecciones de mapas, planos y dibujos y el fondo misceláneo de material heráldico y genealógico, entre otros. 

Archivo de la Corona de Aragón: Tiene su origen en el Archivo Real, creado en 1318 por Jaime II el Justo de Aragón para custodiar la documentación correspondiente al gobierno y justicia, junto con la relativa al Patrimonio Real. Destacan los fondos generados por el Consejo de Aragón (siglos XVI y XVII), los pertenecientes a las Órdenes Religiosas desamortizadas y protocolos notariales. Sus fondos medievales son espléndidos. 

Archivo de la Fundación Casa de Alba: Emplazado en el madrileño Palacio de Liria, se trata de uno de los archivos nobiliarios más importantes de España, fruto del atesoramiento familiar de la documentación y patrimonio acreditativo de su condición, a pesar de que un incendio en 1936 acabara con buena parte de sus fondos. Contiene documentación de la Casa de Alba desde el siglo XIV hasta la actualidad, así como de otras casas nobiliarias, destacando la correspondiente a los Condes de Lemos y los Marqueses del Carpio; los fondos americanos y la correspondencia de los virreyes de Sicilia y Nápoles también son fundamentales para el estudio y comprensión de la Monarquía Hispánica.

Archivo de la Real Sociedad Económica Matritense de Amigos del País: Fundada en 1775, custodia desde entonces los fondos de esta institución ilustrada. 

Archivo del Museo Naval de Madrid: Creado en 1932, es Archivo Nacional desde 1998, quedando integrado en el Sistema Archivístico de la Defensa, a través del Subsistema Archivístico de la Armada. Sus fondos documentales constituyen un complemento a los custodiados por el Archivo General de la Marina “Álvaro de Bazán”, destacando la documentación científica, sus colecciones y la cartoteca histórica, con 8.000 mapas, 230 atlas y 3.000 planos y dibujos a partir del siglo XVI. 

Archivo del Reino de Galicia: Creado inicialmente para custodiar la documentación generada por la Real Audiencia de Galicia, destacan sus fondos judiciales (pleitos), los de protocolos notariales, los fondos privados de personas y familias y los fondos de Clero Regular, así como la colección iconográfica de mapas, planos y dibujos.

Archivo del Reino de Mallorca: Creado en 1851, destacan los fondos documentales relativos a la Bailía, la Veguería, del Tribunal de la Inquisición, el Real Patrimonio, la Real Audiencia de Mallorca y el Consolat de Mar, así como de la Sociedad Económica Mallorquina de Amigos del País.    

Archivo del Reino de Valencia: Heredero del Archivo Real medieval y de la disposición en 1419 de Alfonso V de desglose en copia de los asuntos concernientes al Reino de Valencia en libros-registro separados de los generales de la Corona de Aragón, custodia actualmente los fondos documentales generados por sus antiguas instituciones, destacando los de la Real Audiencia, la Bailía General, el Maestre Racional, la Cancillería Real, la Generalitat, justicias, así como protocolos notariales y documentación eclesiástica procedente de la desamortización. Desde 1969 es archivo intermedio respecto a la documentación provincial y desde 1985 es gestionado por la Generalitat Valenciana.

Archivo de Villa de Madrid: Originado en la Edad Media en forma de depósito de pergaminos madrileños (el “arca de las tres llaves”), aparece por primera vez en una Real Provisión de Carlos I en 1525, aunque su organización no será definitiva hasta las disposiciones de 1748, 1753 y 1781. Destacan los fondos de Corregimiento, Contaduría, Beneficencia, actas, ordenanzas y rentas municipales. 

Archivo Franciscano Ibero-Oriental: Nacido de la misión fundadora en Filipinas (1578) y del Archivo en el Convento de Manila (1622), contiene documentación relativa a la labor evangelizadora de la Orden en el mundo. 

Archivo General de Indias: Creado en 1785 con el objeto de reunir la documentación dispersa entre Simancas, Cádiz y Sevilla relativa a la Administración española de sus territorios de ultramar (Consejo de Indias, Casa de la Contratación, consulados de mercaderes y las Secretarías de Estado y de Despacho), constituye el principal depósito documental para el estudio de la exploración, gobierno y explotación de los territorios hispánicos americanos y asiáticos.  

Archivo General de Palacio: Eje del Sistema de Archivos de Patrimonio Nacional, el AGP cumple una múltiple función de archivo, custodiando diversos fondos: documentación relativa a la administración de la Real Casa y del Patrimonio de la Corona (siglos XVI-XX); como archivo central de Patrimonio Nacional, conserva sus series documentales desde sus orígenes; asimismo, también custodia los generados por la administración de los Reales Patronatos (siglos XII-XX) y los archivos de las Encomiendas pertenecientes a diversos infantes de la Familia Real; sus colecciones de mapas, planos y dibujos (siglos XVI-XX) y de partituras del fondo de la Real Capilla también son fundamentales para la investigación de la Edad Moderna. 

Archivo General de la Administración: Heredero del Archivo General de Simancas y del Archivo General Central de Alcalá de Henares, desde el Decreto 914/1969 el AGA se constituye como el receptor periódico de la documentación que ha dejado de ser necesaria para la gestión diaria de los organismos de la Administración General del Estado; cuando esta documentación ha perdido su validez administrativa, el AGA transfiere la que posea carácter histórico al Archivo Histórico Nacional. A pesar de que sus fondos sean mayoritariamente contemporáneos, custodia alguna documentación relativa al siglo XVIII.

Archivo General de la Fundación Casa Medina Sidonia: Localizado en el Palacio de los Guzmanes, en Sanlúcar de Barrameda (Cádiz), consta de 6.317 legajos que constituyen un fondo generado desde la Edad Media a partir de los privilegios y títulos otorgados por la Corona, y de la administración de la Casa de Medina Sidonia y de las casas nobiliarias asociadas a ella por política matrimonial u otras circunstancias debidas a su gobierno y relaciones con la estructura de la Monarquía Hispánica. 

Archivo General de la Marina “Álvaro de Bazán”: Creado en 1948 como archivo único e histórico para reunir todos los fondos de la Armada, custodia documentación relativa a la misma a partir del siglo XVIII, destacando los correspondientes a la Secretaría de Estado y del Despacho de Marina. Aunque los fondos mayoritarios son del siglo XVIII, posee importantes del siglo XVII, como expedientes personales, documentación judicial y la procedente de los Departamentos marítimos. Está emplazado en el histórico Palacio del Marqués de Santa Cruz (Viso del Marqués, Ciudad Real), declarado Monumento Nacional en 1931.  

Archivo General de Simancas: Creado por Carlos I en 1540 y continuada su concepción por Felipe II para conservar la documentación que acreditaba los derechos de los Reyes de Castilla y su Patrimonio Real, así como la relativa a sus “reinos y vasallos” generada por los organismos centrales de gobierno de la Monarquía Hispánica, el archivo custodia la documentación correspondiente a la ordenación administrativa de la misma desde el Reinado de los Reyes Católicos hasta principios del siglo XIX, destacando su documentación hacendística. Constituye el primer edificio construido para ser archivo en la Edad Moderna y su Instrucción de 1588, el primer reglamento de gobierno conocido para un archivo moderno.

Archivo General del Señorío de Vizcaya: Custodia la documentación real castellana remitida al Señorío (privilegios reales, ejecutorias, cédulas y provisiones).

Archivo General de Guipúzcoa: Heredero del archivo de las Juntas y Diputaciones, destacan sus fondos documentales relativos al gobierno del Territorio Histórico de Guipúzcoa: Juntas y Diputaciones y Corregimiento), así como los protocolos del distrito notarial de Tolosa (los pertenecientes a los restantes de Azpeitia, Bergara y San Sebastián se conservan en el Archivo Histórico de Protocolos de Guipúzcoa), y diversas colecciones y fondos documentales de archivos privados.

Archivo General Militar de Madrid: Heredero del Depósito de la Guerra de 1810 y del Archivo Central del Servicio Histórico Militar, es un Archivo Nacional, de titularidad estatal, gestionado por el Ministerio de Defensa (Ejército de Tierra) y vinculado al Instituto de Historia y Cultura Militar. Destacan sus fondos de Ultramar, los relativos a las Capitanías Generales de América, a las campañas militares desde el siglo XVIII, los correspondientes a la Guerra de la Independencia, las colecciones particulares y su cartoteca histórica. 

Archivo General Militar de Guadalajara: Concebido inicialmente en 1967, es un archivo de titularidad estatal gestionado por el Ministerio de Defensa y desde 1998 Archivo Nacional. Custodia alguna documentación del siglo XVIII. 

Archivo General Militar de Segovia: Creado en 1898 y sito en el Alcázar de la ciudad, es un archivo de titularidad estatal, gestionado por el Ministerio de Defensa y declarado Archivo Nacional en 1998. De sus fondos destacan las hojas de servicios y expedientes personales de mandos a partir del siglo XVIII; en general, los relativos a personal, asuntos y material de la Secretaría de Estado y de Despacho de la Guerra. 

Archivo Histórico de Asturias: Creado a partir del Convenio de Gestión de 1988, firmado entre el Principado de Asturias y el Ministerio de Cultura, destacan los protocolos notariales y sus fondos de archivos personales y familiares.

Archivo Histórico de la Nobleza: Constituido con los fondos de la Sección Nobleza del Archivo Histórico Nacional, funciona de manera independiente de éste desde octubre de 1993 en el histórico Hospital Tavera de Toledo. Alberga los archivos privados generados por diversas casas nobiliarias adquiridos por el Estado, o bien en calidad de depósito o donación. Contiene documentación relativa a más de 700 títulos nobiliarios, pero continúan creciendo debido a que actualmente es un archivo abierto.

Archivo Histórico de Protocolos de Barcelona: Forma parte del Archivo General de Protocolos del Colegio de Notarios de Cataluña y fue constituido a raíz de las normativas de 1862 y 1869. Cuenta con un fondo de protocolos notariales cuya fecha más remota data del siglo XIII, destacando los de los siglos modernos, la Escribanía de Marina (siglos XVIII y XIX) y su colección de pergaminos (siglos XII al XVII).

Archivo Histórico de Protocolos de Madrid: Heredero de la disposición de Carlos III de 1765 por la que la custodia de los protocolos notariales era transferida de los escribanos que los produjeron y sus sucesores en cada escribanía, al Estado, actualmente mantiene la titularidad estatal, aunque la gestión corresponde a la Comunidad de Madrid. Sus fondos de protocolos notariales abarcan un período comprendido entre 1504 y 1910, destacando igualmente los de los registros de Consulados (1763-1910) y de Contaduría de Hipotecas (1745-1870).

Archivo Histórico Nacional: Constituido en 1866 sobre los fondos documentales eclesiásticos de las órdenes monásticas desamortizadas, pronto se erigirá como continuador del Archivo de Simancas, siendo parte de sus fondos complementarios con éste. Destaca por la documentación relativa a la época borbónica, así como por la de los Consejos de la Inquisición y de Órdenes Militares, de la Sala de Alcaldes de Casa y Corte relativa a la capitalidad de Madrid, de las Universidades, de la Mesta, y, por supuesto, por su documentación eclesiástica (Sección Clero secular y regular). Actualmente continúa siendo un archivo abierto, erigiéndose en el archivo final del sistema archivístico del Estado.

Archivo Real y General de Navarra: Heredero del antiguo archivo de las Cortes y de la Diputación del Reino, custodia los fondos de las antiguas instituciones del Reino de Navarra, destacando la documentación relativa al Virreinato, a las Cortes y Consejo de Navarra y la Audiencia, así como la perteneciente a las instituciones eclesiásticas desamortizadas y un importante grueso de documentación económica y fiscal. 

Archivo y Biblioteca de Francisco Zabálburu: Originaria en la colección personal de don Francisco de Zabálburu y Basabe, sus fondos abarcan los siglos X al XIX, así como la colección de Juan Ignacio Miró y la documentación procedente de la Casa de Altamira, cuya custodia completa comparte con el Instituto Valencia de Don Juan. 

Archivo y Biblioteca de la Real Sociedad Económica Matritense de Amigos del País: Fundada en 1775, custodia desde entonces los fondos de esta institución ilustrada.

Archivos de las Diputaciones: Recogen, entre otros fondos, documentación moderna relacionada con la beneficencia. En casos como el madrileño, sus fondos se han remitido al archivo regional correspondiente: Archivo Regional de la Comunidad de Madrid, creado en virtud de la Ley 4/1993, es concebido como archivo intermedio e histórico. De esta manera, aunque la mayor parte de sus fondos corresponden a documentación reciente y contemporánea generada por el Gobierno y la Administración de la Comunidad de Madrid, custodia documentación histórica que abarca un período cronológico iniciado en el siglo XIII hasta la actualidad. Entre los custodios de fondos procedentes de la Edad Moderna se encuentran las secciones: Fondos de la Diputación Provincial de Madrid (1583-1983), los Fondos Históricos de Archivos Municipales (1330-1981), así como documentación relacionada con Fondos Privados, Casas Nobiliarias y con beneficencia pública. Igualmente, entre las colecciones deben destacarse documentos del Catastro del Marqués de la Ensenada fechados entre 1749-1774 y censos y padrones de Madrid y su provincia, producidos entre los siglos XV y XVIII.

Archivos de las Reales Chancillerías de Granada y Valladolid: Custodian los fondos generados por la Real Audiencia y Chancillería de Granada (y de su anterior sede en Ciudad Real, de 1494 a 1505) y por el Tribunal de la Real Chancillería de Valladolid, respectivamente. La documentación judicial que albergan constituye una fuente fundamental para el estudio de la Edad Moderna, destacando la referida a los casos de corte, pleitos civiles y criminales, pruebas de hidalguías, procesos en grado de apelación y un largo etc. Asimismo, es importante señalar la documentación relativa al funcionamiento interno de ambas. Entre las peculiaridades de cada uno, en Valladolid destacan los fondos de la Sala de Vizcainías, y en Granada, la documentación del Consejo de Población. 

Archivos diocesanos: En la actualidad (demarcación actual de las Diócesis), los archivos diocesanos custodian la documentación de buena parte de las parroquias de las Diócesis (libros de fábrica, registros sacramentales, tazmías, cofradías, etc.); asimismo, custodian la suya propia: visitas pastorales, nombramientos, documentación relacionada con beneficios, la generada por la administración de justicia eclesiástica, documentación decimal y un largo etc. Destacan los fondos del Archivo Diocesano de Cuenca (con los importantes fondos relativos a la Inquisición y al Priorato de Uclés de la Orden de Santiago) y el Archivo Histórico Diocesano de León (que custodia parte de la  documentación del Priorato de San Marcos de la Orden de Santiago y fondos de monasterios).  

Archivos Históricos Provinciales: Creados por Orden Ministerial de 11 de noviembre de 1931 para custodiar la documentación notarial centenaria. Lo esencial de su documentación está relacionada con la etapa contemporánea, pero relacionada con la Edad Moderna tienen: protocolos notariales, respuestas particulares del Catastro de Ensenada (con excepciones) y abundante documentación relacionada con la desamortización eclesiástica. Por otro lado, cada archivo histórico provincial tiene sus peculiaridades: Archivo Histórico Provincial de Zaragoza, destacan los fondos de la Casa Ducal de Híjar-Aranda y los relativos a la Inquisición. Archivo Histórico Provincial de Ávila, destaca su documentación judicial y la del Condado de Orgaz. Archivo Histórico Provincial de Valladolid, fundamental sus fondos generados por la Universidad y el de Simón Ruíz. Archivo Histórico Provincial de Cuenca, es esencial la documentación de la Colección Olivares y la procedente de la desamortización. 

Archivos parroquiales: Actualmente, buena parte de sus fondos han sido transferidos a los archivos diocesanos correspondientes. En general, la documentación custodiada por los parroquiales la constituyen los libros de fábrica, registros sacramentales, cofradías, tazmías y libros matrícula, entre otros. En Madrid es preciso señalar el Archivo de la Parroquia de San Ginés, de cuyos fondos destacan las testamentarías y los relacionados con el ámbito municipal.

Arquivo Nacional da Torre do Tombo: Dependiente de la Direcçâo-Geral do Livro, Arquivos e Bibliotecas y de la Red Portuguesa de Archivos, permite hacer búsquedas por los fondos el Patrimonio Archivístico portugués.  

Biblioteca Central Militar: Heredera de la Biblioteca General Militar y dependiente del Instituto de Historia y Cultura Militar del Ejército de Tierra, integra desde 1932 a casi todas las bibliotecas militares de Madrid. Sus fondos son imprescindibles para el estudio de la Historia Militar en todos sus ámbitos: arte y ciencias afines (ingeniería, matemáticas, arquitectura…). Contiene, asimismo, un importante fondo de archivo con documentación relativa a asuntos científicos militares desde el siglo XVI. 

Biblioteca de la Academia Militar de Artillería de Segovia: Iniciada en 1764, adjunta al Real Colegio de Artillería y formada inicialmente con fondos de la Escuela de Artillería de Cádiz, de la Real Sociedad Militar de Matemáticas de Madrid y de la Escuela Teórica de Artillería de Barcelona. Destaca, por ello, su biblioteca científica del siglo XVIII. 

Biblioteca Nacional de España: La Sala Cervantes de la Biblioteca Nacional alberga una valiosa y muy variada colección de manuscritos, así como de libros impresos. 

Centro Geográfico del Ejército. Archivo Cartográfico y de Estudios Geográficos: El Centro Geográfico del Ejército constituye, junto con el Archivo General Militar de Madrid y el Museo Naval, uno de los tres centros depositarios de los fondos de Cartografía Histórica de Defensa. Posee una importante colección cartográfica a partir del siglo XVIII y una colección de atlas cuyo arco cronológico abarca del siglo XVI al XX.

Cofradías y Hospitales: Custodian documentación relativa a la beneficencia. En Madrid destacan el Archivo de San Luis de los Franceses, el Archivo de San Fermín de los Navarros y el de San Antonio de los Alemanes (de este último destacan los fondos de la Hermandad del Refugio y de la Cofradía del Huevo). 

Congreso de los Diputados: Aunque el grueso de su documentación pertenece a la Edad Contemporánea, posee documentación de las Actas de las Cortes de Castilla y el periodo de la Guerra de la Independencia (Cortes de Cádiz, proyectos napoleónicos de Constitución para España). 

Instituto Valencia de don Juan: Fundada en 1916 por los XIII Condes de Valencia de Don Juan, sus fondos de archivo albergan, entre otros, libros impresos de los siglos XVII y XVIII, de la Casa de Oñate y documentación datada cronológicamente desde los Reyes Católicos hasta el siglo XIX. Destaca el fondo del Conde de Altamira, cuya custodia completa comparte con la Biblioteca Francisco Zabálburu. 

Real Academia de la Historia: Fundada en 1738 al amparo del espíritu ilustrado, su archivo y biblioteca custodia importantísimos fondos de impresos, incunables, manuscritos, códices y colecciones, que abarcan desde la Alta Edad Media hasta la actualidad. Destacan las colecciones de don Luis Salazar y Castro (fundamentales para estudios genealógicos modernistas), de Pellicer o “de grandezas de España” y de Juan Bautista Muñoz (sobre estudios indianos), entre otras; así como la documentación relativa a la Compañía de Jesús en España y en las misiones ultramarinas (Biblioteca de Cortes y la Colección Jesuitas) y a las Cortes de Castilla.  

Real Biblioteca del Monasterio de San Lorenzo de El Escorial: Nacida del mecenazgo humanístico bibliográfico de Felipe II, sus fondos bibliográficos manuscritos y de libros impresos antiguos e incunables son fundamentales para el estudio de la Edad Moderna, así como sus diversas y valiosas colecciones de dibujos, grabados, de monedas y medallas y de libros de cuentas; sus archivos de música (libros y partituras), documentos (construcción y ornato del Monasterio y su entorno) y de certificados de autenticidad de la colección de reliquias (archivo hagiográfico), así como las magníficas encuadernaciones artísticas y escurialenses, completan uno de los principales centros de investigación en Historia Moderna. 

Real Instituto y Observatorio de la Armada de San Fernando (Cádiz): Heredero del Real Colegio de Guardiamarinas fundado por Felipe V, su Archivo Histórico y Biblioteca albergan importante documentación científica a partir del siglo XVIII.