Líneas de investigación / Research interest 

- Estudio teórico y experimental de la arquitectura genética poblacional de la eficacia biológica y los caracteres cuantitativos bajo la acción conjunta de mutación, selección natural y deriva genética: Composición de la varianza genética y naturaleza del lastre genético.

- Theoretical and experimental study of the genetic architecture of fitness and quantitative traits under the joint action of mutation, natural selection and genetic drift: Composition of genetic variance and nature of genetic load.

- Consecuencias de la reducción del censo poblacional sobre el  declive en eficacia, el lastre genético y los componentes genéticos de la varianza: Modelos teóricos, análisis mediante simulación y estudios experimentales. 

- Consequences of the reduction of the population census on the decline in fitness, the genetic load and the genetic components of the variance: Theoretical models, simulation analysis and experimental studies.

- Aplicaciones en biología de la conservación y genética evolutiva. 

- Applications to Conservation and Evolutionary Biology.

 

Miembros del equipo / Members: 

- Aurora García-Dorado García (catedrática/Professor)

- Carlos López-Fanjul de Argüelles (catedrático/Professor)

 

Departamento: Genética

Software Desarrollado / Developed Software

PURGd (versión 2.3.2) analiza datos de eficacia biológica u otros caracteres (habitualmente componentes principales de la eficacia) en individuos con registro genealógico. Este programa estima los parámetros genéticos que caracterizan la depresión consanguínea en presencia de purga en el modelo Inbreeding-Purging (García-Dorado 2012), tal como se describe en García-Dorado, A.,Wang, J. and López-Cortegano, E. (2016). El paquete incluye una versión Linux y otra Windows del programa y datos de prueba. También incluye un manual actualizado en octubre de 2022 en que se alerta sobre errores detectados en el output de PURGd v2.3.2 (y posibles adaptaciones suyas en otros paquetes), y se proporciona un parche para corregirlos.

PURGd (version 2.3.2) analyzes data for fitness or other traits (usually fitness components) measured in pedigreed individuals. It estimates the genetic parameters that characterize inbreeding depression taking purging into account according to the Inbreeding-Purging model (García-Dorado 2012), as described in  García-Dorado, A.,Wang, J. and López-Cortegano, E. (2016). The package includes Linux and Windows versions of the software and example data. It also includes a user manual actualize in October 2022 with warnings on detected bugs affecting the PURGd v.2.3.2 output (and its possible implementations in other packages) as well as a patch to solve them.

 

PURGd v2.3.2.zip 

 

 

MDGD busca estimas de Mínima Distancia para los parámetros mutacionales utilizando datos de Acumulación de Mutaciones. Es una versión mejorada por Aurora García-Dorado de un programa previo desarrollado por Aurora García-Dorado y Juan Miguel Marín. El modelo y los métodos se describen en:

García-Dorado, A. (1997). The rate and effects distribution of viability mutation in Drosophila: minimum distance estimation. Evolution, 1130-1139.

García-Dorado, A., & Marin, J. M. (1998). Minimum distance estimation of mutational parameters for quantitative traits. Biometrics, 1097-1114.

García-Dorado, A., & Gallego, A. (2003). Comparing analysis methods for mutation-accumulation data: a simulation study. Genetics, 164(2), 807-819.

 El paquete incluye una versión Linux y otra Windows del programa, datos de prueba, un archivo “readme” y un programa auxiliar que guía al usuario en la preparación de los parámetros con que se ejecutará el programa principal

Si USA ESTE PROGRAMA CITE:

García-Dorado, A., & Marin, J. M. (1998). Minimum distance estimation of mutational parameters for quantitative traits. Biometrics, 1097-1114.

MDGD searches Minimum Distance estimates for mutational parameter using Mutation Accumulation Data. It is a version improved by Aurora García-Dorado of a previous program by Aurora García-Dorado and Juan Miguel Marín. The model and methods are described in:

García-Dorado, A. (1997). The rate and effects distribution of viability mutation in Drosophila: minimum distance estimation. Evolution, 1130-1139.

García-Dorado, A., & Marin, J. M. (1998). Minimum distance estimation of mutational parameters for quantitative traits. Biometrics, 1097-1114.

García-Dorado, A., & Gallego, A. (2003). Comparing analysis methods for mutation-accumulation data: a simulation study. Genetics, 164(2), 807-819.

 The package includes Linux and Windows versions of the software, example data, a readme file and an auxiliary program that guides the user preparing input parameter to run the main program.

 IF YOU USE THIS PROGRAM CITE:

García-Dorado, A., & Marin, J. M. (1998). Minimum distance estimation of mutational parameters for quantitative traits. Biometrics, 1097-1114.

 

  MDGD.zip

 

 

Publicaciones de los últimos años en revistas del JCR: 

García-Dorado A & Hedrick, P. (2022) Some hope and many concerns on the future of the vaquita. Heredity doi.org/10.1038/s41437-022-00573-7

Pérez-Pereira, N., López-Cortegano E., García-Dorado A. and A. Caballero. (2022) Prediction of fitness under different breeding designs in conservation programs. Animal Conservation DOI: 10.1111/acv.12804

CABALLERO, A., WANG, J. y LÓPEZ-FANJUL, C. (2022). Obituary in memoriam of professor William G. (Bill) Hill. Heredity, 128: 77-78

Kleinman-Ruiz D*, Lucena-Perez M, Villanueva B, Fernández J, Saveljev A, Ratkiewicz M, Schmidt K, Galtier N, García-Dorado A*, Godoy J* (2022). Purging of deleterious burden in the endangered Iberian lynx. PNAS, 119(11) p. e2110614119 (*autores de correspondencia)

Pérez-Pereira, N., Caballero, A., & García-Dorado, A. (2021). Reviewing the consequences of genetic purging on the success of rescue programs. Conservation Genetics. doi.org/10.1007/s10592-021-01405-7.

Pérez-Pereira, N., Pouso, R., Rus, A., Vilas, A., López-Cortegano, E., García-Dorado, A., H Quesada & Caballero, A. (2021). Long-term exhaustion of the inbreeding load in Drosophila melanogaster. Heredity, 127, 373-383.

García-Dorado, A., & Caballero, A. (2021). Neutral genetic diversity as a useful tool for conservation biology. Conservation Genetics, 22, 541-545.

López-Cortegano, E., Moreno, E., & García-Dorado, A. (2021). Genetic purging in captive endangered ungulates with extremely low effective population sizes. Heredity, 127, 433-442.

López-Cortegano, E., Bersabé, D. Wang, J. and García-Dorado, A. 2018. Detection of genetic purging and predictive value of purging parameters estimated in pedigreed populations. Heredity (en prensa)

García-Dorado, A. 2017. An explicit model for the inbreeding load in the evolutionary analysis of selfing. Evolution 71(5): 1381–1389.

Hedrick, P. and A. García-Dorado. 2016. Understanding Inbreeding Depression, Purging, and Genetic Rescue. Trends in Ecology and Evolution. Vol. 31, No. 12: 940-952.

García-Dorado, A, J. Wang and E. López-Cortegano.2016 Predictive model and software for inbreeding-purging analysis of pedigreed populations. Genes, Genomes and Genetics. 6(11), 3593-3601.

López-Cortegano, E. Vilas, A., Caballero, A. y García-Dorado, A. 2016. Estimation of genetic purging under competitive conditions. Evolution, 70(8), 1856-1870.

BERSABÉ, D., CABALLERO,  A., PÉREZ-FIGUEROA, A. y GARCÍA-DORADO, A. 2015. On the Consequences of Purging and Linkage on Fitness and Genetic Diversity. G3  doi:10.1534/g3.115.023184

GARCÍA-DORADO, A. 2015. On the consequences of ignoring purging on genetic recommendations for minimum viable population rules. Heredity. 115, 185–187

ÁVILA, V., PÉREZ-FIGUEROA, A., CABALLERO, A., HILL, W. G., GARCÍA-DORADO, A. y LÓPEZ-FANJUL, C. 2014. The action of stabilizing selection, mutation and drift on epistatic quantitative traits. Evolution 68(7), 1974-1987.

CABALLERO A. y A. GARCÍA-DORADO. 2013. Allelic Diversity and Its Implications for the Rate of Adaptation. Genetics 195, 1373 –1384

Bersabé, D. y A. García-Dorado. 2013. On the genetic parameter determining the efficiency of purging: an estimate for Drosophila egg-to-pupae viability. Journal of Evolutionary Biology 26: 375-85 (doi: 10.1111/jeb.12054)

García-Dorado, A. 2012. Understanding and Predicting the Fitness Declineof Shrunk Populations: Inbreeding, Purging, Mutation, and Standard Selection. Genetics 190:1461-1476

López-Fanjul, C. y A. García-Dorado. 2011. Population Genetics of Mutations. The fuel of evolution.Heredity  106: 535–536; ( doi:10.1038/hdy.2010.110)

Sánchez-Molano, E. y A. García-Dorado. 2011. The consequences on fitness of equating family contributions: inferences from a Drosophila experiment. Conservation Genetics 12:343-353. (doi 10.1007/s10592-010-0143-3)

LÓPEZ-FANJUL, C. 2010. The action of evolutionary forces on metric traits. Advances in Animal Biosciences 3, 532-537.

ÁVILA, V., C. AMADOR, y A. GARCÍA-DORADO. 2010. The purge of genetic load through restricted panmixia in a drosophila experiment. Journal of Evolutionary Biology 23: 1937-1946

AMADOR, C., A. GARCÍA-DORADO, D. BERSABÉ y C. LÓPEZ-FANJUL. 2010. Regeneration of the variance of metric traits by spontaneous mutation in a drosophila population.Genetics Research 92:91-102. 

Seleccionado por la revista como uno de los diez artículos más relevantes publicados en ella en los últimos 50 años.

PÉREZ-FIGUEROA, A., A. CABALLERO, A. GARCÍA-DORADO y C. LÓPEZ-FANJUL. 2009. The action of purifying selection, mutation and drift on fitness epistatic systems. Genetics 183:299-313.

GARCÍA-DORADO, A. 2008. A simple method to account for natural selection when predicting inbreeding depression. Genetics 180:1559-1566.

PAPACEIT M., V. ÁVILA, M. AGUADÉ y A. GARCÍA-DORADO.  2007. The dynamics of the roo transposable element in mutation accumulation lines and segregating populations of Drosophila melanogaster. Genetics 177:511-522.

GARCÍA-DORADO, A. 2007. Shortcut predictions for fitness properties at the MSD balance and for its build-up after size reduction under different management strategies. Genetics 176: 983-997.

GARCÍA-DORADO, A.,  V. ÁVILA, E. SÁNCHEZ-MOLANO, A. MANRIQUE y C. LÓPEZ-FANJUL. 2007. The build up of mutation-selection-drift balance in laboratory Drosophila populations. Evolution  61: 653:665

LÓPEZ-FANJUL, C., FERNÁNDEZ, A. y M. A. TORO. 2007. The effect of dominance on the use of the Qst _ Fst contrast to detect natural selection on quantitative traits.Genetics 176:725-727.

 

Capítulos de libros y otras publicaciones

LÓPEZ-FANJUL, C. 2009. La evolución del darwinismo. En López-Fanjul, C. (coord.) El alcance del darwinismo. A los 150 años de “El Origen de las Especies, págs. 12 – 35 (www.colegiodeemeritos.es), Colegio Libre de Eméritos, Madrid, 2009.

LÓPEZ-FANJUL, C., CASTRO, L. y M. A. TORO. 2009. Darwinismo: aplicaciones y devociones. Revista de Libros 156, 32-38.

LÓPEZ-FANJUL, C. y M. A. TORO. 2007. Fundamentos de la mejora genética en acuicultura. En Martínez, P. y Figueras, A. (coord.) Genética y genómica en acuicultura, págs. 157-181, Editorial C. S. I. C., Madrid. 

TORO, M. A. y C. LÓPEZ-FANJUL. 2007. Diseño de programas de mejora genética en acuicultura. En Martínez, P. y Figueras, A. (coord.) Genética y genómica en acuicultura, págs. 185-211, Editorial C. S. I. C., Madrid.

GALLEGO COBOS, A. 2012. Genética. Conceptos esenciales. Cap. 24. Genética Cuantitativa.  Coord. BENITO, C. Y ESPINO, F. J. Ed. Panamericana. ISBN: 978-84-9835-407-2.  

 

Libros

LÓPEZ-FANJUL, C. (coord.) 2009. El alcance del darwinismo. A los 150 años de “El Origen de las Especies (www.colegiodeemeritos.es). Colegio Libre de Eméritos, Madrid. 

 

Críticas de libros

LÓPEZ-FANJUL, C.  2022. La indeseable supervivencia del más apto, Revista de Libros, mayo 2022

LÓPEZ-FANJUL, C.  2022. Razas, racismo y genética, Revista de Libros, febrero 2022

LÓPEZ-FANJUL, C.  2021. Evolución en asfalto, Revista de Libros, febrero 2021

LÓPEZ-FANJUL, C.  2019. La genealogía del Homo sapiens, Revista de Libros, febrero 2019

LÓPEZ-FANJUL, C.  2018. El dictador benévolo,. Revista de Libros, febrero 2018

LÓPEZ-FANJUL, C.  2018. ¿Qué está en nuestro ADN?, Revista de Libros, septiembre 2018

LÓPEZ-FANJUL, C.  2017. La historia de los humanos contada por su genoma, Revista de Libros, diciembre 2017,

LÓPEZ-FANJUL, C.  2017. El retorno del gen egoísta, Revista de Libros, julio 2017

LÓPEZ-FANJUL, C.  2017. El escurridizo gen, Revista de Libros, febrero 2017

LÓPEZ-FANJUL, C.  2016. A vueltas con Lamarck, Revista de Libros, octubre 2016

LÓPEZ-FANJUL, C.  2016. Del neodarwinismo al neoliberalismo, Revista de Libros, marzo 2016

LÓPEZ-FANJUL, C.  2015. Genes  de raza. Revista de Libros, junio 8 pp. .

LÓPEZ-FANJUL, C.  2014. La especie accidental. Revista de Libros, diciembre 10 pp.

LÓPEZ-FANJUL, C.  2013. Prometeo desencadenado. Revista de Libros, 185, 10 pp.

LÓPEZ-FANJUL, C. 2013. Del enjambre a la tribu. Revista de Libros, 185: 10 pp. 

LÓPEZ-FANJUL, C. 2011. Darwin y su círculo. Revista de Libros, 169: 27-29

LÓPEZ-FANJUL, C. 2009. Raros y curiosos. Revista de Libros, 146: 34-35.

LÓPEZ-FANJUL, C. 2009. A vueltas con Darwin. Revista de Libros, 153: 3-6.

LÓPEZ-FANJUL, C. 2008. Sexo y tamaño. Revista de Libros, 141: 3-5.

LÓPEZ-FANJUL, C. 2007. Metafísica china. Revista de Libros,124: 33-34.