Es Catedrática de Historia del Arte en la Universität Hamburg. Enseñó como profesora de Historia del Arte Español y Latinoamericano en el Kunsthistorisches Institut de la Freie Universität Berlin desde 2011 hasta 2012. De 2009 a 2011 fue profesora adjunta de Historia del Arte en la Facultad de Teología  de la Humboldt-Universität zu Berlin. Su habilitación tuvo lugar en 2010 en la Freie Universität Berlin, con la publicación del libro Transkulturelle Imaginationen des Opfers, que trata de los conceptos de sacrificio en las misiones en la Nueva España y en Europa en la temprana Edad Moderna. El objetivo del libro es escribir una forma de “entangled histories” demostrando que también Europa se cambió a sí misma en contacto con las Américas. En 1998 recibió su doctorado por un estudio del arte de la Reforma (Tugend versus Gnade, galardonado con el premio Martin-Luther en 2000).

Margit Kern se especializa en el arte de la primera época moderna, investigando el arte religioso y los procesos de negociación transcultural en el arte. Otro foco de investigación se centra en la historia de la fotografía. En 2011 recibió una beca Feodor Lynen de la Fundación Alexander von Humboldt para pasar nueve meses en la Universidad de Yale. Con el fin de promover los estudios de arte español y latinoamericano en el ámbito de la Historia del arte en Alemania, fundó el Grupo de estudio “Spanische und iberoamerikanische Kunstgeschichte” en 2006. Es miembro de la junta de la Asociación Carl Justi para el fomento de la cooperación entre Alemania, España, Portugal e Iberoamérica en el campo de la Historia del Arte. Junto con Klaus Krüger ha publicado un libro con el título Transcultural Imaginations of the Sacred (Paderborn: Wilhelm Fink, 2019). Su proyecto más reciente está dedicado al fenómeno del “escepticismo visual” (“visuelle Skepsis”).