En el primer semestre del primer curso de permanencia en el Programa (antes del 25 de marzo), la Comisión Académica, de común acuerdo con el doctorando y el investigador propuesto para desempeñar dicha función, debe asignar a cada doctorando un director de Tesis. Este ha de ser un doctor vinculado al Programa, o bien un doctor externo con experiencia investigadora acreditada, siempre que cumpla con al menos uno de los criterios de la normativa de la Universidad Complutense (1. Haber dirigido dos Tesis Doctorales con anterioridad; 2. Acreditar dos sexenios de investigación; 3. Formar parte del equipo de un proyecto de investigación competitivo en vigor) y previa aceptación de la Comisión Académica. Igualmente, la dirección de la Tesis puede ser asignada a varios doctores que reunan las condiciones antes señaladas, cuando concurran razones de índole académica favorables a ello, previa autorización de la Comisión Académica, la cual puede revocarla con posterioridad si, a su juicio, la codirección no beneficia el desarrollo de la investigación.

En el primer informe anual, la evaluación se centra en el Plan de Investigación, el cual es un documento en el que se ha de definir suficientemente el tema de estudio (objeto, estado de la cuestion, metodología y fuentes), así como el título provisional de la Tesis Doctoral. Si así lo considera oportuno, la Comisión Académica puede convocar al doctorando en sesión de vista oral para explicar su propuesta de investigación y mantener con el mismo el correspondiente debate científico previo a la validación de dicho Plan de Investigación.