Cuando se comenzó la primera edición del Máster en Farmacia Industrial y Galénica se estableció un convenio con la Asociación Española de Farmacéuticos de la Industria (AEFI). Dicho convenio ha sido la base sobre la que se ha mantenido una vinculación que ha facilitado la impartición de las anteriores ediciones de este Máster. En la actualidad  hay en vigor un Acuerdo Marco entre dicha asociación (AEFI)  y la UCM.

Durante los últimos años, especialmente para facilitar las prácticas de los alumnos, se establecieron convenios con las siguientes empresas farmacéuticas:

Normon, Famar, Chemo-Liconsa, Cinfa, Berlimed-Bayer, Avizor, Galenicum, Rovi, AlcaláFarma, Takeda, Cloverty, Alter,  FAES, Schering Plough, Reig Jofre, Janssen, Abbott, Farmalider, Sanofi-Aventis, Pharmamar, Italfármaco, Roche, Industrial Farmacéutica Cantabria, Tedec-Meiji...